NARODOWY INSTYTUT GERIATRII, REUMATOLOGII I REHABILITACJIIM. PROF. DR HAB. MED. ELEONORY REICHERposzukuje kandydata/kandydatki na stanowisko:SPECJALISTADS. BIOINFORMATYCZNEJ INTEGRACJI DANYCH

SPECJALISTA DS. BIOINFORMATYCZNEJ INTEGRACJI DANYCH

Ogólny zakres obowiązków:

• Realizacja zadań i procesów związanych z bioinformatyczną integrację danych pochodzących m.in. z: testów cytotoksyczności (biochemicznych i mikroskopowych) prowadzonych wobec hodowli ustalonych i pierwotnych linii w różnych jednostkach chorób; analiz transkryptomicznych (sekwencjonowanie nowej generacji); analiz proteomicznych (spektrometria mas); analiz fenotypowych (cytometria przepływowa); analiz mikrobiomu; analiz biochemicznych osocza dawców; innych innowacyjnych typów analiz
• Prowadzenie kompleksowej integracji danych multiomicznych pochodzących z różnych platform badawczych: sekwencjonowanie RNA (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) oraz DNA; sekwencjonowanie repertuarów receptorów TCR ; analizy proteomiczne (spektometria mas); wyniki testów funkcjonalnych hodowli komórkowych 9cytotoksyczność); ekspresja markerów komórkowych (cytometria przepływowa); analizy biochemiczne osocza i produkowanych cytokin.
• Wykonywanie zaawansowanych analiz bioinformatycznych m.in. takich jak: analiza róznicowej ekspresji genów; identyfikacja markerów molekularnych; wykonywanie klastrów komórkowych; analiza korelacyjna RNA-białko (określenie sygnatur molekularnych oraz innych metod diagnostyki.
• Tworzenie zautomatyzowanych procedur analizy danych obejmujących wstępne przetwarzanie danych (kontrola jakości, filtrowanie, normalizacja, skalowanie międzyplatformowe), a także analiz min. w środowisku R i/lub Python.

oczekujemy:

• Typ kompetencji: bioinformatyk, biomedyk cyfrowy.
• Wykształcenie wyższe z dziedzin biologicznych, bioinformatycznych lub pokrewnych.
• Udokumentowana wiedza o ekosystemie wymiany danych cyfrowych oraz formatach tych danych w ochronie zdrowia.
• Udokumentowane doświadczenie analityczne w zakresie danych scRNA-seq, mRNA-seq, WGS, TCR-seq (analiza repertuarów TCR) i/lub danych proteomicznych.
• Praktyczna znajomość analizy i integracji danych pochodzących z różnych platform ( przykłady: mRNA-seq (bulk i single-cell), TCR-seq, fenotypowanie komórek (flow cytometry), proteomika (LC-MS/MS), metabolomika.
• Znajomość narzędzi typu: DESeq2, Limma, Seurat, Cytoscape, STRING, GSEA lub innych.
• Umiejętność pracy w środowisku R i/lub Python.
• Mile widziana znajomość metod inżynierii genetycznej CRISPR.
• Mile widziane doświadczenie w interdyscyplinarnych zespołach badawczych zajmujących się immunologią, biologią.
• Dodatkowym atutem będzie umiejętność in silico projektowania konstruktów ekspresyjnych potencjalnych receptorów TCR, wytypowanych na podstawie danych TCR-seq i RNA-seq, z immunoterapii.
• dobra znajomość zagadnień z zakresu immunologii, ze szczególnym uwzględnieniem mechanizmów działania adaptacyjnego układu odpornościowego, biologii i diagnostyki w chorobach otępiennych oraz zapalnych chorobach mediowanych Immunologicznie.
• Umiejętność efektywnej pracy w interdyscyplinarnym zespole badawczym.
• Samodzielność, dokładność i odpowiedzialność w realizacji zadań.
• Umiejętność prezentacji wyników badań dla interdyscyplinarnego środowiska m.in. naukowego, biznesowego oraz pacjentów.

Oferujemy:

• Zatrudnienie w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej.
• Wymiar czasu pracy – 1,00 etat.
• Stabilną pracę w prestiżowej instytucji.

• Oferty należy składać drogą elektroniczną lub osobiście pod adresem: Narodowy Instytut Geriatrii, Reumatologii i Rehabilitacji w Warszawie, ul. Spartańska 1.
• Zastrzegamy sobie prawo do kontaktu z wybranymi osobami.
• Zachęcamy do aplikowania również osoby posiadające orzeczenie o niepełnosprawności.
• Szczegółowych informacji udziela: Katarzyna Bigosińska - Kierownik Regionalne Centrum Medycyny Cyfrowej ; tel. 22 688 06 07